Աթաբեկ Հովհաննեսի Խնկոյանը ծնվել է Փամբակի շրջանի Ղարաբոյա գյուղում (այժմ կրում է Խնկոյան անունը)։ Նախնական կրթությունն ստացել է ծննդավայրում՝ տիրացու Կարապետի ծխական դպրոցում, 1880 թվականից՝ Ալեքսանդրապոլի (այժմ՝ Գյումրի)՝ Մարտիրոս Պողոսյանի մասնավոր կրթարանում, ապա՝ երկու տարի անց՝ քաղաքային դպրոցում։ 1890—1910 թվականներին ստանում է որպես ուսուցիչ պաշտոնավարելու իրավունք։ Շուրջ 35 տարի նա մանկավարժական աշխատանք է կատարում տարբեր վայրերի, այդ թվում՝ հայրենի գավառի դպրոցներում:
Ջոն Պողոսյան 